剧情：原紫后来和夏目梓琅和特安逸一起参加比赛，拿到好名次，赚得奖金，打出小名气，长翅鸥进化大嘴鸥。
后把优咪酱送到黄沙城附近的小星镇，帮助他在那边注册成为学者。
与好友分别再到黄沙城，考级中级训练师，孵化圆陆鲨。
遇到神速盖诺赛克特，展开剧情。
未来，收服堪比固拉多的超级请假王和畏畏缩缩但可以依靠力量平分和防守平分加持队友，消耗敌人的壶壶。
到星贝秘境，边境发现边境全貌，被卷入乱流.........
最终剧情及伏笔：
原紫将碰到盖诺赛克特，并与其中一只提前苏醒的达成契约。
在不断成长后，因为一次偶然被卷入时间乱流，（雪拉比等神兽在修复维护空间夹层时产生的，也就是边界之处，顺便为后文崩溃留下伏笔）卷入进过去的世界。
并带着成长了的盖诺赛克特与五百年前的盖诺赛克特相见，并拯救了这个盖诺赛克特族群。
并设定好了这一只盖诺赛克特的复苏时间，在未来相见，（也就是原紫与这只盖诺赛克特在五百年后碰面的那段时间复苏）
最终剧情及结局
空间夹层最终不稳定，整个位面即将崩溃，相对的，主角所在的主世界也会受到影响，特大级的海啸地震台风暴雨都将出现。
最终依靠雪拉比，基拉析，帝牙卢卡，帕鲁奇亚，以及阿尔宙斯的力量穿越到过去，找到了丢失的能量碎块。
那个世界崩塌，但是这个世界得以继续延续，最终解决了他们的生存问题。
秘境由来：
宝可梦存在的某个世界，被想要毁灭世界的人最终得逞。
世界破碎，而神兽们为了保护世界，最终只能将破碎的世界化为一片片空间碎块，附着于主角所在的星球的空间夹层。
一但空间波动不稳定，就会有碎块从空间夹层中跑出，形成秘境。